Kakashi là một thiên tài. Anh tốt nghiệp trường đào tạo ninja khi 5 tuổi, thành ninja Trung đẳng (Chunin) khi chỉ vừa lên 6 tuổi, trở thành jonin khi mới 13 tuổi. Cha của anh, Hatake Sakumo là một trong những ninja huyền thoại của làng Lá, từng được so sánh với Tam nhẫn huyền thoại, được người đời ca tụng với biệt danh là "Nanh Trắng của Mộc Diệp". Vài năm sau, cha của Kakashi bị buộc tội vì đã bỏ nhiệm vụ đi cứu một người đồng đội của mình. Tuyệt vọng trước những lời buộc tội, cha của Kakashi đã tự vẫn. Sau cái chết của cha, Kakashi bắt đầu tuân thủ nghiêm khắc quy tắc của ninja và luôn cho rằng hoàn thành nhiệm vụ là việc quan trọng nhất với một ninja. Anh là học trò giỏi nhất của Hokage đệ tứ, bạn cùng nhóm với Uchiha Obito và Nohara Rin.

Năm 12 tuổi, Kakashi đã đạt danh hiệu ninja Thượng đẳng (Jounin) và sáng tạo ra chiêu thức Chidori (Thiên điểu 天鳥) (vì âm thanh của chakra lôi độn tập trung trên tay nghe giống như nghìn con ác điểu), và tất nhiên chiêu Chidori của Kakashi chưa được hoàn hảo chỉ vì anh xài chiêu Chidori tốn chakra khi nhiều khi ít, chưa điều khiển được mức cố định nên rất nguy hiểm khi sử dụng. Anh được giao nhiệm vụ làm đội trưởng cùng các đồng đội là Uchiha Obito và Rin, tuy nhiên, quan hệ giữa anh và Obito không được tốt đẹp. Nhóm anh có nhiệm vụ đánh bom cây cầu Kannabi của địch. Rủi thay, trong lúc làm nhiệm vụ, Rin bị quân địch bắt cóc. Obito, vốn có tình cảm với Rin từ trước, quyết định liều mạng đi cứu Rin. Tuy nhiên Kakashi quyết không mắc phải sai lầm như cha mình, trong lòng anh luôn bị ám ảnh bởi cái chết của cha nên luôn tuân thủ luật lệ một cách hà khắc. Kakashi quyết tâm một mình lên đường làm tiếp nhiệm vụ còn Obito thì quyết tâm đi cứu Rin, 2 người đã cãi nhau rất nhiều. Trước khi đi, Obito đã nói với Kakashi rằng cậu tin Hatake Sakumo chính là 1 anh hùng thật sự. Obito bảo thà bị mọi người khinh bỉ vì bỏ quên nhiệm vụ, còn hơn là không bảo vệ được bạn bè. Câu nói của cậu đã tác động đến Kakashi rất nhiều. Vì thế, anh đã dẹp bỏ quy tắc của mình để đi cứu Rin cùng với Obito.

Trong khi nỗ lực giải cứu Rin, Kakashi mất con mắt trái do đỡ đòn cho Obito. Trong khoảnh khắc đó, lần đầu tiên trong đời, Obito đánh thức sức mạnh con mắt Sharingan của mình và giết chết kẻ thù. Tuy nhiên, một quả bom đã làm cho đất đá sạt lở, Obito vì cứu mạng Kakashi nên đã bị đá đè bẹp toàn bộ phần bên phải cơ thể. Obito giục các bạn mình hãy chạy đi trước khi bị đá chôn vùi, cậu còn trăn trối với Kakashi: "Mình vẫn chưa tặng gì cho cậu cả đúng không?" Cậu liền nhờ Rin cấy ghép con mắt Sharingan bên trái của mình vào cho Kakashi. Cũng là nhờ vào đôi mắt Sharingan mà Obito tặng nên Kakashi đã dùng chiêu thức Chidori trở nên hoàn chỉnh hơn. Kakashi đã dùng Sharingan và Chidori để giết chết kẻ địch. Tình bạn giữa Kakashi và Obito đã được hàn gắn quá muộn màng, Kakashi luôn tự trách mình về cái chết của Obito. Sau sự kiện cầu Kannabi, Rin bị ninja làng Sương mù bắt cóc với mục đích biến cô thành Jinchuuriki của Tam Vĩ Isobu với âm mưu thả vĩ thú tấn công Konaha khi Rin trở về làng. Để đảm bảo kế hoạch này thành công, nhiều Jounin và Anbu làng Sương mù đã giả vờ đuổi theo khi Rin được Kakashi giải cứu, buộc họ phải nhanh chóng trở về làng mình. Rin nhận ra được có điều gì đó thay đổi trong cơ thể mình nên khi biết được kế hoạch của địch, cô yêu cầu Kakashi giết mình để bảo vệ làng nhưng anh kiên quyết không đồng ý, bởi di nguyện của Obito là anh phải thay cậu ta bảo vệ Rin. Tuy vậy, khi hai người rơi vào vòng vây của ninja làng đối địch, Rin đã tự sát bằng cách hứng lấy đòn chidori của Kakashi để được chết trong vòng tay người mình yêu. Thoạt nhìn, không ai có thể hiểu rõ ẩn tình trong cái chết của Rin, cô gái nhỏ bé đã rơi nước mắt khi được chết bên cạnh Kakashi và mãn nguyện vì cô đã có thể bảo vệ làng Lá. Cái chết của cô khiến anh đau đớn tới mức thức tỉnh Mangekyo Sharingan, đồng thời để lại nỗi ám ảnh to lớn cho anh mãi về sau.

Nhiều năm sau, Kakashi trở thành đội trưởng ANBU làng Lá. Mặc dù bây giờ Kakashi đã rời bỏ ANBU, anh vẫn đeo chiếc găng tay đặc trưng của đội. Sau cái chết của thầy mình là Namikaze Minato và hai người bạn thân nhất, Kakashi ngày càng trở nên suy sụp, xa cách và lầm lì. Những đồng đội khác của anh là Might Guy, Sarutobi Asuma và Yuuhi Kurenai không đành lòng nhìn anh như thế, họ đã xin Hokage đệ tam để anh rời khỏi đội ANBU. Sau khi suy nghĩ kĩ càng, ông đồng ý và ra lệnh cho Kakashi trở thành giáo viên của học viện ninja, nhường lại chức đội trưởng ANBU cho Uchiha Itachi. Tuy nhiên, với sự khắc nghiệt lạnh lùng của anh bấy giờ, nhiều Genin đã bị đánh trượt ngay từ lúc bắt đầu. Cuối cùng, Hokage đệ tam giao cho Kakashi dạy dỗ 3 Genin là Sakura, Sasuke và Naruto. Những đứa trẻ này là nhóm đầu tiên vượt qua bài kiểm tra của anh, từ đó họ trở thành nhóm 7.